Molecular Docking Senyawa Caboxamycin Pada Mycobacterium tuberculosis Polyketide Synthase 13 (Pks13)

Abstract

Senyawa caboxamycin merupakan antibiotik baru yang termasuk dalam kelompok benzoxazole yang diproduksi oleh Streptomyces sp. NTK 937 (marine strain). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui mekanisme penghambatan senyawa caboxamycin terhadap Mycobacterium tuberculosis polyketide synthase 13 (Pks13) secara in silico dengan metode molecular docking. Tahapan molecular docking dimulai dengan optimasi struktur senyawa caboxamycin dan streptomisin (kontrol positif) 3D, preparasi protein Pks13, validasi metode, serta docking senyawa caboxamycin dan streptomisin yang teroptimasi pada protein Pks13. Hasil docking protein Pks13 pada ligan standar adalah -144,0 kkal/mol, pada streptomisin adalah -101,7 kkal/mol, dan pada caboxamycin adalah -75,9 kkal/mol. Streptomisin dan caboxamycin memiliki ikatan hidrogen yang sama terhadap residu asam amino protein Pks13 yaitu ASN-1640 dan HIS-1664, sehingga caboxamycin memiliki mekanisme kerja dalam menghambat Pks13 pada M.tuberculosis secara in silico. Senyawa caboxamycin memiliki mekanisme molekuler dalam menghambat protein Pks13 yang ditunjukkan dengan adanya pembentukkan ikatan hidrogen, sehingga senyawa caboxamycin berpotensi sebagai antituberkulosis secara in silico.